Osim Ministarstva mora, svoju istragu nesreće na trajektu Lastovo provela je i Agencija za istraživanje nesreća u zračnom, pomorskom i željezničkom prometu. Došli su do sličnih zaključaka kao i povjerenstvo Ministarstva.
'Ova pomorska nesreća posljedica je više različitih čimbenika koji su, svaki u određenoj mjeri, ali u konačnici u kumulativu, utjecali na slijed događaja koji je doveo do tragičnog ishoda. Prevladavajući uzročni čimbenik pomorske nesreće smatra se nepotpuno razumijevanje izvedbe i tehničkih karakteristika sustava pramčane rampe, što je posljedica nepostojanja uputa i podrobnijih dokumentiranih informacija o pripadajućem hidrauličkom sustavu pramčane rampe, zbog čega posada nije bila u cijelosti upoznata sa sposobnostima i ograničenjima tog sustava i s tim povezanih rizika prilikom rukovanja pramčanom rampom', navodi Agencija u svom izvješću.
Jadroliniji su izdali 12 sigurnosnih preporuka. Među ostalim kompaniji je preporučeno da se operativni postupci za rukovanje sustavima oplatnih vrata nalaze na brodovima i da su postavljeni na odgovarajuća mjesta upravljanja, kao i da članovi posade budu upoznati s ispravnim postupcima rukovanja vratima u redovnim operacijama i izvanrednim okolnostima.
Preporučena je i ugradnja svjetlosnog indikatora i zvučnog alarma za otvorena vrata, implementiranje načela zaustavljanja rada koji nije siguran za sve članove posade, uspostava metodologije utvrđivanja kritičnih brodskih sustava i opreme, unaprjeđenje evidencije održavanja, popravaka, zamjena i incidenata brodskih uređaja i opreme…
Dane su i preporuke Hrvatskom registru brodovima te brodovlasnicima, brodarima, kompanijama, klasifikacijskim društvima i pomorcima. Istaknuto je kako je ključan preduvjet za sigurno rukovanje poznavanje tehničke izvedbe sustava, uređaja i opreme. Stoga su upute za rukovanje nužne kako bi se osiguralo njihovo ispravno i sigurno korištenje, osobito u slučajevima kada je rukovanje potrebno obaviti koordinirano s više različitih dislociranih mjesta na brodu. Takve upute trebaju biti napisane na radnom jeziku broda na način razumljiv članovima posade.