Na lokalitetu Lokva nalazi se današnja župna crkva sv. Ivana Krstitelja. Na tom je mjestu u 6. st. podignut ranokršćanski kompleks trobrodne bazilike s krstionicom, vjerojatno dio samostana ranog monaškog reda uređenog po regulama istočnih kršćanskih samostanskih zajednica. Nad središnjim se ulazom u trobrodnu baziliku još uvijek nalazi veliki lučni nadvoj s monolitnom gredom s vegetabilnim ukrasom i centralno postavljenim križem.
Svetište je smješteno u apsidi upisanoj u ravni začelni zid. Svjetlo je u apsidu dopiralo kroz prozorsku triforu, sačuvanu do danas. U svetištu se nalazi konfesija, oltarni grob za svetačke moći. U istraživanju su pronađeni dijelovi pluteja olarne ograde s prikazima jaganjca i drugog s prikazom lavljeg repa. Uz južnu prostoriju nalazila se jedna s bazenom, piscinom, koja je služila monasima i katekumenima. Na sjevernoj se strani nalaze tri prostorije među kojima se očuvanošću ističe krstionica. U vrijeme benediktinske obnove crkvenog sklopa preuzela je i do danas zadržala ulogu svetišta crkva sv. Ivana. Ima oblik oktogona s polukružnim nišama upisanog u kvadrat s krsnim zdencem križnog oblika. Danas je jedina do krova sačuvana krstionica na istočnoj obali Jadrana. U njoj su sačuvani dijelovi izvornog ranokršćanskog fresko ukrasa marmoriziranog stila te kasniji posvetni križ iz benediktinskog razdoblja. Uz istočno pročelje bazilike sačuvane su dvije izvorno presvođene grobnice, u skladu s običajem sahranjivanja u blizini relikvija sveca.
U 9. je ili 10. stoljeću na mjestu napuštenog ranokršćanskog sklopa zaživio benediktinski samostan. Krstionica je preuređena u priručnu crkvu. S njezine je istočne strane dograđen kapitul (možda već u ranokršćanskoj fazi), a monasi su stanovali u prostoru nekadašnjeg ranokršćanskog svetišta.
Taj je samostan porušen 1145. u napadu Mlečana ili pak omiških gusara. Iz toga doba potječe kult svetog Ivana Povaljskog, čije su se relikvije čuvale u nekadašnjem krsnom zdencu, tada oltarnom grobu. Prema jednoj je verziji legende taj svetac za života bio monah tog samostana, a druga ga izjednačava sa svetim Ivanom Milostinjarom, aleksandrijskim patrijarhom iz 7. stoljeća. Kult sv. Ivana Povaljskog, zaštitnika od kužnih bolesti, bio je predmetom iznimno važnog otočkog hodočašća kroz srednji i dijelom kroz novi vijek. Drugu obnovu samostana vezujemo uz godinu 1184. i opata Ratka. Tada je obnovljen benediktinski samostan i priznati svi njegovi prijašnji posjedi. To je zapisano u dvama spomenicima od velike povijesne važnosti. Na Povaljskom pragu pronalazimo spomen obnove samostana, najstariji sačuvani natpis pisan hrvatskom ćirilicom. Nalazio se nad novim ulazom u crkvu, na njemu se imenom spominje brački knez Brečko, a potpisao ga je klesar Radonja. Povaljska listina navodi zapis o toj obnovi i popis područja u okviru posjeda samostana u prijepisu iz 1250. godine. Taj je dokument također pisan hrvatskom ćirilicom i jedan je od najvažnijih i najstarijih hrvatskih povijesnih i jezičnih spomenika uopće.
Ovaj je samostan u više navrata poharan, te su ga benediktinci napustili u 14. stoljeću. Obnovljen je početkom 15. stoljeća. Crkva je proširena u 16./17. st., u drugoj polovici 19. st. dograđen joj je zvonik, a u prvoj polovici 20. st. dobila je svoj današnji oblik. U unutrašnjosti crkve pozornost privlače bočni oltari Gospe od Ružarija i Srca Isusovog, vjerojatno radovi nasljednika poznatog pučiškog klesara Tripuna Bokanića iz druge polovice 17. st.
Tijekom mletačke uprave nad otokom Bračom ranokršćanska apsida i zidovi nad njom utvrđeni su obrambenom kulom obrubljenom kruništem kako bi se povaljska opatija zaštitila od pomorskih prepada flote Otomanskog Carstva. Kula u Povljima (Kaštilo) spominje se, među ostalim, i u kontekstu otočkih narodnih predaja o pokopanom grčkom blagu kao vječno počivalište grčkog dječaka sahranjenog nad kotlom punim blaga.