Plan upravljanja zaštićenim područjem i područjem ekološke mreže strateški je dokument JU 'NP Krka' koji utvrđuje stanje područja, određuje ciljeve upravljanja i aktivnosti za postizanje tih ciljeva te omogućuje aktivno i prilagodljivo upravljanje područjem u razdoblju od deset godina.
Izrada Plana upravljanja kompleksan je i sveobuhvatan postupak koji uključuje aktivnosti s brojim zainteresiranim dionicima. Javna ustanova 'Nacionalni park Krka' istovremeno sudjeluje u izradi dvaju planova upravljanja: PU 6005 – Nacionalni park 'Krka', Bunari (HR2001492) i Šire područje NP 'Krka' (HR2000918) i PU 7006 – Krka i okolni plato (HR1000026), značajni krajobraz Krka – gornji tok i značajni krajobraz Čikola. Organiziranje radionica u sklopu projekta 'Razvoj okvira za upravljanje ekološkom mrežom Natura 2000' financira se iz Europskog kohezijskog fonda kroz Operativni program Konkurentnost i kohezija.
Plan upravljanja strateški je dokument propisan Zakonom o zaštiti prirode. Uz suglasnost Ministarstva i proceduru javnog uvida, donosi ga Upravno vijeće nadležne javne ustanove na razdoblje od deset godina. Plan mora biti usklađen s nadležnosti ustanove koja ga donosi i s ostalim regulatornim, planskim i strateškim dokumentima. Rok izrade novog Plana upravljanja je 31. listopada 2022.
'Aktivnosti koje se definiraju novim Planom upravljanja usklađene su sa zonacijom definiranom Pravilnikom o zaštiti i očuvanju NP 'Krka', koja je izrađena uvažavajući stanje i pritiske na vrste i staništa, odnosno na ekosustav u cjelini, a znanja o njima rezultat su kontinuiranog istraživanja, praćenja i analiza. Područje Parka ujedno je i područje ekološke mreže Natura 2000 te je potrebno uvažiti stanje i mjere potrebne za očuvanje cijelog niza ciljanih vrsta i stanišnih tipova. Jedan od ciljanih stanišnih tipova za očuvanje u ovom području jesu Sedrene barijere krških rijeka Dinarida. Nacionalni parkovi 'Krka' i 'Plitvička jezera' najvažnija su područja za očuvanje tog stanišnog tipa u Republici Hrvatskoj i u EU', istaknuto je u Upravi za zaštitu prirode Ministarstva gospodarstva i održivog razvoja.
Plan upravljanja PU 7006 – Krka i okolni plato (HR1000026), značajni krajobraz Krka – gornji tok i značajni krajobraz Čikola izrađuje se u suradnji s Javnom ustanovom 'Priroda Šibensko-kninske županije'. U travnju 2021. počele su prve aktivnosti s dionicima. Danas su svoja iskustva, očekivanja i ciljeve međusobno podijelili predstavnici nadležnog ministarstva i jedinica lokalne samouprave, gospodarski subjekti koji djeluju na području Parka, županijski uredi i ustanove vezani za zaštitu prirode, te eminentni stručnjaci i znanstvenici. Lokalna zajednica u donošenju novog Plana upravljanja JU 'NP Krka' sudjeluje preko zakonski izabranih zastupnika. Zbog iznimno važne teme radionice, koja obuhvaća vodena staništa, ptice i druge vrste povezane s vodenim ekosustavima i međusektorsku suradnju, prisustvovali su joj dionici vezani za oba plana upravljanja.
'Plan upravljanja definira način postizanja ciljeva očuvanja svakog područja ekološke mreže i mjere očuvanja odnosno aktivnosti koje je potrebno provesti za postizanje tih ciljeva, stoga je od iznimna značaja povezivanje svih dionika s ciljem međusobna dijaloga', naglasila je Gordana Goreta, stručna voditeljica Javne ustanove 'Nacionalni park Krka', i dodala: 'Područje NP 'Krka' odlikuje se velikom bioraznolikošću biljnog i životinjskog svijeta, a očuvanje vrsta i staništa preduvjet je budućnosti ne samo na ovim prostorima, već i na globalnoj razini'.
NP 'Krka' proglašen je nacionalnim parkom zbog izrazitih geomorfoloških, hidroloških i pejsažnih vrijednosti krajolika, sa sedrom kao temeljnim fenomenom. Biljni i životinjski svijet NP 'Krka' obuhvaća brojne endemične, rijetke i ugrožene svojte (44 tipa staništa i njihovih kombinacija, 1.022 svojte biljaka, 403 vrste limnofaune, 34 svojte vretenaca, preko 200 svojti leptira, 29 svojti riba, od toga 14 endema, 9 svojti vodozemaca, 22 svojte gmazova, 235 svojti ptica, 45 svojti sisavaca, od toga 17 svojti šišmiša, i 81 svojtu podzemnih beskralježnjaka.
Natura 2000 najveća je koordinirana mreža zaštićenih područja na svijetu, proglašena s ciljem dugoročna očuvanja najvrjednijih i najugroženijih vrsta i staništa u Europi. Gotovo 50 % površine Šibensko kninske-županije spada pod Natura 2000 područje, a obuhvaća kompletnu površinu NP 'Krka'. Drugim riječima, ekološka mreža obuhvaća područja u kojima se nalaze staništa divljih vrsta i stanišni tipovi čije je očuvanje značajno na razini EU. Biološku vrijednost pokazuje, prije svega, velika brojnost i raznolikost ptica koje obitavaju u NP 'Krka'. Brojni šumarci i otvorene vodene površine bogate ribom, kukcima i vodenom vegetacijom idealna su hranilišta, odmorišta i gnjezdilišta za ptice. Vrstama i staništima izravno prijete klimatske promjene, negativni hidrološki trendovi, riblje i biljne invazivne vrste te korištenje prostora koje nije u skladu s vrijednostima područja.